牟尼沟不仅自然风光瑰丽，也有浓郁的宗教文化氛围，藏传佛教在此与自然美景融合在
一起，形成极其独特的韵味。牟尼沟的藏传佛教主要是格鲁教派，即“黄教”主要寺庙有肖包寺和牟尼后寺。
肖包寺 肖包寺距牟尼沟3.7公里，始建于公元1549年，至今已有449余年历史。寺院占地6000余平方米。寺院内有一块“佛石”，上面有天然生成的佛教图像，肖包寺因此而得名。“肖”即“佛石”、“包”即佛石的形像。肖包寺由于地处牟尼沟旅游必经之地，寺庙建在公路旁边，加之这里地势开阔，既有草地风光，又兼具了峡谷景观。草地、山川、河流、松树融为一体，自然形成了一道独特的风景线。
牟尼后寺 牟尼后寺座落在风景秀丽的扎嘎沟内，寺院依山傍水，背面是茂密的原始森林，正面是隆岗沟，左面是气势宏伟的扎嘎瀑布。海拔3045米，属格鲁教派，始建于1663年，至今
已有335年的历史。寺内藏有大量珍贵藏传佛教文物，夏日，风和日丽、艳阳高照、
游客在寺院里就可以感受到扎嘎瀑布那惊心动魄的大自然之神美。
温馨提示：每年农历1月15日和7月15日都要举行大型宗教活动。
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温馨提示：少数民族的礼俗禁忌代表着民族宗教文化和文明习惯。旅游者到了民族地区，如果对民族礼俗禁忌和藏族风俗习惯略知一二，就可以避免麻烦，减少误会，使你旅途更顺利。
