在古龙寺内还有一座三县衙门，就是三个县联合办公机构。原来，黄龙溪属华阳县管，与仁寿县、彭山县接壤，属“三不管”的地带，社会治安问题十分突出，匪患不断。于是清政府便在黄龙溪设立了总爷衙门，由三县县令轮流坐庄，处理辖区内的日常事务。其职责有三：一是民事管理，二是社会治安管理，三是管理泽被三县、灌溉万亩良田的古佛堰。民国时期总爷衙门改称三县衙门，由三县派员轮渡当值，驻有兵力在此，设有团防。
三县衙门很小，呈长方形，就像个四合院，分为正门、照壁、大堂、签押房等。门口就像普通人家的门口一样，只不过门口处放着一面鼓，升堂时先要击鼓。门口两侧是副对联：黄龙钻山伸出龙爪抱鸡翅，白马临江勒转马头望虎岩；门口上方的“三县衙门”四个大字写得还算可以，多少增添了些衙门的气息。在门口负责收费的杨兆全是三县衙门文管所的工作人员。杨兆全说，门口的这副对联包含了六个地名，这些地名至今还有，这也是三县衙门的管辖范围。
